Né de père Libanais et de mère belge, sa famille s'établit au Québec en1967, l'année de l'Expo. Après des études en arts plastiques et en cinéma d'animation, Jean-Paul Eid se joint à l'équipe de la revue humoristique Croc où il publie pendant dix ans les aventures de Jérôme Bigras, surréaliste banlieusard flanqué de Rex, sa fidèle tondeuse à gazon. Pages à lire par transparence, scénarios interactifs, pages miroir... Oubapien avant l'heure, Eid s'amuse à déconstruire le langage de la BD et à en déjouer les codes. Son album Le fond du trou (Grand prix de la Ville de Québec et Prix spécial du jury Bédélys 2012), un album perforé d'une couverture à l'autre, permet aux personnages, d'emprunter ce trou afin de traverser physiquement l'histoire comme on voyage dans le temps.
Parallèlement, il publie en 1999 avec le dramaturge Claude Paiement, le diptyque de science-fiction Le Naufragé de Memoria (Bédéïs Causa 2000 et 2004 et le prix Bédélys Québec 2004). L'album est réédité en 2020 en un seul volume sous le titre Memoria aux Éditions de la Pastèque.
Le tandem récidive en 2016 avec, La femme aux cartes postales, un ambitieux roman graphique évoquant les clubs de jazz et les cabarets du Montréal des années 50 (prix ACBD de la meilleure BD québécoise et Grand prix de la Ville de Québec).
En 2021 parait Le petit astronaute aux Éditions de la Pastèque (Prix ACBD de la BD québécoise, Prix des libraires BD, Prix des collégiens , Prix BD adulte du Salon du livre de Trois-Rivières). Saluée par la critique et le public, cette oeuvre, inspirée de la vie de l'auteur, raconte l'histoire d'un petit garçon né avec un lourd handicap. Tom ne marche pas, ne parle pas, mais son passage sur Terre va changer le regard des gens qu'il va croiser. Le petit astronaute a été adapté par Radio-Canada sous forme de livre audio augmenté sur la plateforme Ohdio.
À titre d’illustrateur, Jean-Paul Eid a travaillé pour de nombreux magazines, agences de publicité et productions cinématographiques et télévisuelles, pour des éditeurs de livres pour enfants ainsi que pour des musées historiques et scientifiques.
Il est considéré aujourd’hui comme une figure marquante du 9e art québécois.